原文:RNA-seq要做几次生物学重复?找出来的100%都是真正的应答基因

尹师妹: 哈师兄,做验证实验好辛苦,老板让我提高筛选差异基因的条件,尽量降低假阳性,我该怎么筛 小哈打开Evernote,给尹师妹看张表: 瞧见那个 了吗 million mapped reads的情况下, 次重复, 倍筛选条件,Statistical power ,找出来的都是真的应答基因 只做 次重复, 倍筛选条件,可以达到 如果测序深度降到 million mapped reads,需要 次 ...

2018-10-18 21:19 0 806 推荐指数:

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RNA-seq 生物学重复相关性验证

根据拿到的表达矩阵设为exprSet 1、用scale 进行标准化 数据中心化:数据集中的各个数字减去数据集的均值 数据标准化:中心化之后的数据在除以数据集的标准差。 在R中利用scale方法来对数据进行中心化和标准化 并不是表达矩阵里面的所有基因都可以进行相关性分析 ...

Thu Feb 06 04:58:00 CST 2020 0 2174
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2

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什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组的出现,转录组已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 ...

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简单理解RNA-seq 刘小泽 已关注 2018.10.17 23:51* 字数 1518 阅读 46评论 0喜欢 3 今天就当一个小故事看吧,看了statQuest,感觉讲的很棒,于是分享给大家原版视频后台回复 ...

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转录组测序中生物学重复如何来设 1.区分生物学重复与技术重复 生物学重复:指样本重复,比如3只小鼠,同时做一种处理,就是三个生物学重复。 技术重复:一般是三次实验,比如对一块组织,提了三次RNA,做三次real time。 2.设置生物学 ...

Thu Jul 05 19:05:00 CST 2018 0 4088
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RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对;2) read count计算;3) read count的归一化;4)差异表达分析; 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2);2) Read count(多重比对 ...

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