【变异检测】SNP INDEL检测
重测序SNP和INDEL变异检测主要有3套方案，samtools+bcftools、GATK、assembly-versus-assembly 1.samtools+bcftools方法 samtools和bcftools是我们做生信最常用的软件之一，功能非常的强大。这套软件组合 ...
原文：NGS检测SNP
，Fastq数据质控 ,Fastq转化成bam，包含头文件 ,sam 转化成bam，如果SAM文件中有header SQ lines。 ,sort bam , 标记重复 , index 一下 ,Base Quality Score Recalibration , 使用GATK检测SNP 使用samtools和bcftools检测SNP 也有直接用perl 脚本实现。在使用bcftools 得到v ...
2018-10-17 17:48 0 800 推荐指数：
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