原文:fasta/fastq格式解读

知识简介 . 测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关 estimated probability of error : Phred Quality Score Probability of incorrect base call Base ...

2018-08-17 16:16 0 4505 推荐指数:

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fastafastq格式文件解读

1、FASTA文件的格式 在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式)是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元,各行记录信息如下: 第一 ...

Mon May 08 22:30:00 CST 2017 0 3327
FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式

1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项: fastq文件必须是解压格式 ...

Sat Sep 23 01:10:00 CST 2017 0 4317
FASTQ格式

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式。为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码。最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基 ...

Tue May 01 00:36:00 CST 2018 0 4135
文件格式——fastq格式

fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面 ...

Wed May 03 19:36:00 CST 2017 0 1266
如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式)

sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m ...

Tue Apr 16 00:16:00 CST 2013 0 21763
 
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