AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO，KEGG注释
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub，顾名思义，就是注释信息的中装站。通过它，能找到了几乎所有的注释资源。如果没有，你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub ...
原文：GO | KEGG的注释是怎么来的？
但凡是做过基因表达数据分析的 芯片 RNA seq，scRNA seq ，肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的，因为它是研究未知基因集的利器。 但跑过之后老板肯定会给反馈，通常得到的注释都是没有太多意义的，偶尔能随缘得到一些满意的注释，所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的。 而往往我们是在验证时才使用注释，这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考。 那么GO和KEGG常见注释库到底有些 ...
2018-08-07 12:02 0 2592 推荐指数：
相关推荐
KEGG注释
在 KEGG 数据库中，把功能相似的蛋白质归为同一组，然后标上 KO 号。通过相似性比对，可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。 截止到 2015 年 6 月 12 日，KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组。其中 304 个为真核生物，3,600 个为原核生物。在真 ...
GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常，因为它们的本质是相通的，都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库，应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别： 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...
R包对植物进行GO，KEGG注释
(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(Annotati ...
KEGG pathway注释过程
KEGG mapper： 输入：cufdiff生成的差异基因列表（log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01） 目的：在KEGG网站中，利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程： 1. ID转换：将gene symbol转换 ...
GO KEGG富集分析绘图
柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图（气泡图） ...
DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析
何为功能富集分析？ 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG？ 为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发 ...
GO注释
(“术语”)及其相互关系的逻辑结构，表现为有向无环图。 GO注释（GO annotations）的语 ...