原文:ANNOVAR工具

annovar软件组件介绍之一 table annovar.pl 译 对于初学者,使用ANNOVAr的最简单方法是使用table annovar.pl程序,该程序采用输入突变文件 例如,VCF文件 并生成带有多个制表符分隔的输出文件,每个列表示一组注释。另外,如果输入是VCF文件,则程序还生成新的VCF输出文件,其中INFO字段填充有注释信息。 假设我们已经下载了ANNOVAR包并使用tar z ...

2018-07-18 21:07 0 1199 推荐指数:

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Annovar 信息注释

ANNOVAR 注释软件 ANNOVAR简介 ANNOVAR结构 ANNOVAR下载数据库 ANNOVAR输入格式 ANNOVAR格式转换 ANNOVAR注释功能 用table_annovar ...

Sat Dec 30 00:13:00 CST 2017 0 2638
annovar 注释除人类以外的SNP

1. 准备文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt (软件来自 ...

Tue Sep 03 20:06:00 CST 2019 0 358
如何用annovar下载数据库

主要参考annovar官网 https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/startup/ 里面写道 First, we need to download appropriate database ...

Wed Mar 10 22:31:00 CST 2021 0 408
制作annovar注释依赖的cosmic数据库

1. 文件准备 COSMIC相关文件下载 COSMIC更新了下载规则。以前直接用ftp可以下载,现在麻烦一些,要根据它们提供的指导规则下载。 以GRCh37/cosmic/v90/VCF/Cosm ...

Fri Sep 20 18:13:00 CST 2019 0 401
Annovar注释非人类基因组,如小鼠mm9

annovar一般只包含人类基因组注释数据库,其他的物种如小鼠需要自己进行建立注释信息。 第一步:下载annovar软件上Annovar官网下载(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/),现在要邮件 ...

Tue Jul 04 05:19:00 CST 2017 0 1576
工具(6): 开发工具

0x01 目的 好工具索引&要点记录 0x02 SOP 工具和结构化 0x03 工具集合 思维导图: xmind , mindmanager, freemind 原型设计工具: 墨刀-移动应用原型与线框工具 ...

Fri Mar 15 18:43:00 CST 2019 4 619
ETL 工具和 BI 工具

ETL是数据仓库中的非常重要的一环,是承前启后的必要的一步。ETL负责将分布的、异构数据源中的数据如关系数据、平面数据文件等抽取到临时中间层后进行清洗、转换、集成,最后加载到数据仓库或数据集市中,成为联机分析处理、数据挖掘的基础。下面给大家介绍一下什么是ETL以及ETL常用的三种工具 ...

Fri Jan 18 02:36:00 CST 2019 0 1138
telnet 工具

关于 telnet 命令 telnet命令通常用来远程登录。telnet程序是基于TELNET协议的远程登录客户端程序。Telnet协议是TCP/IP协议族中的一员,是Internet远程登陆服务的 ...

Tue Oct 02 23:56:00 CST 2018 1 2452
 
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