转载自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序 ...
Bowtie使用介绍 转载自:http: bioinformation.cn p Bowtie 下载 是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接 碱基长度的序列时,可以达到每小时 . 亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取 个碱基的片段。换言之,bowtie非常适合下一代测序技术 ...
2018-06-20 11:21 0 5207 推荐指数:
转载自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序 ...
Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie在比对比较短的reads(less ...
主要简述 bowtie2 的入门用法,完成从原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。 参考文档 最重要的参考文档还是官方文档: Bowtie2-mannual Getting started with Bowtie 2 文献: Fast ...
未经本人授权禁止转载。 1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok,suse上编译装的,中间包依赖有问题,可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok,suse上执行的时候报找不到samtools,但是官网上手册说tophat2不需要 ...
目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装。 如上图所示,bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码,需要用 ...
/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa [2016-02-27 11:40: ...
生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...
bowtie:短序列比对的新工具(转) (2014-11-17 22:15:24) 转载▼ 标签: 转载 原文地址: bowtie:短序列比对的新工具(转 ...