有时候我们想画出所有SNP的LD关系图，则需要在命令行添加 skipcheck 命令行，如下所示： java jar Haploview.jar skipcheck n pedfile kb .ped info kb .info png out kb 这样就不需要经过haploview的过滤标准了。 如果只想过滤某个标准，则可参看下来参数 skipcheck Skip all the genoty ...
2018-05-19 15:37 6 1997 推荐指数：
最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow，比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点，直接输入vcf ...
本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。 本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易 ...
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...
简单图形 矩形 圆形 椭圆 【整个椭圆】 【半椭圆或半圆】 【四分之一椭圆】 ...
graphviz官网：http://www.graphviz.org/ 背景：有画图需要，之前见到别人用graphviz画，画出来的图漂亮，且自动帮你排版安排布局，所以自己想尝试用它画。 其中遇到的几个问题 win系统下载msi安装包后进行安装，安装不成功，报错信息是win电脑却少 ...
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...
IntelliJ IDEA使用教程 （总目录篇） 在 IntelliJ IDEA 中这个查看一个类也就是当前类的所有继承关系，包括实现的所有的接口和继承的类， 这个继承，不仅仅是一级的继承关系，包括好几层的继承。父类的父类 ...
PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。 命令如下： plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据： --ld rs123 rs134: R-sq ...
