fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面 ...
FASQT格式是用于存储生物序列 通常是核苷酸序列 及其相应的碱基质量分数的一种文本格式。为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码。最初由Wellcome Trust Sanger Institute 桑格研究所 开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer Illumina基因组分析仪 等高通量测序仪的 ...
2018-04-30 16:36 0 4135 推荐指数:
fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面 ...
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量 ...
1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项: fastq文件必须是解压格式 ...
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
1、FASTA文件的格式 在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式)是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元,各行记录信息如下: 第一 ...
sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m ...
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The fir ...
Downloading and installing the SRA Toolkit step1: 下载并安装SRAtoolkit (Download the Toolkit from ...