首先在这里先感谢我们【Bio生信学习交流群】的群友和创建此群的群主【陈博士后】。 今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions。 步骤： 第一步，打开你的基因组数据bim文件（Plink格式），随便找一个 ...

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较，可以对比对结果进行可视化。 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件（或者GENBANK identifier） 上传文件不得> 10 Mb ...

基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录组预测 ...

全基因组关联分析流程： 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列，内容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...

2021年08月24日 更新 给每个exon编排序号，方便管理 cat gencode.v37.annotation.gtf | grep ENSG00000011304 | cut -f1 ...

GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可实现以下功能： 1 评估全基因组SNP的亲缘关系（遗传关系） 2 评估全 ...

参考基因组版本命名参考基因组联盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配，纠正，增加基因组序列，以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 （Genome ...

基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列 ...