下载vcf文件: 方法一:进入ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/,直接下载相应染色体的vcf 方法二:进入http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools ...
进入链接:http: www.internationalgenome.org data portal sample 点击 filter by population ,在弹出的选择框里,选择想要下载的population,比如CHB。然后再点击 download the list 下载后,保存文件即可。 文件格式如下,第一列为CHB的sample ID,其他是该sample对应的详细信息 ...
2018-03-14 11:36 0 883 推荐指数:
下载vcf文件: 方法一:进入ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/,直接下载相应染色体的vcf 方法二:进入http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools ...
需求:提取 1 号染色体的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 区间的 fa 序列; 需要准备的test.gff3文件如下所示,第一列是染色体号,第二列和第三列的内容随意,第四列和第五列是提取的开始位置和终止位置,第六列和第八列内容随意,第七列是基因组的正负 ...
Method One: library(GenomicRanges) library(GenomicFeatures)library(annotatr)makeTxDbFromGFFtxdb &l ...
首先,进入千人基因组数据库的网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下图所示,在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP,比如rs608139 搜索后出现如下界面,黄色区域是我们感兴趣的SNP,红色框框 ...
如何获取hg19的CDS、UTR、intergenic、intron等的位置信息? 参考手册: Hg19 regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, 5-UTR, 3-UTR 怎么从gtf文件获取genome ...
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...
参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...
植物vs动物总结版: 简述高等植物基因组(可以以拟南芥和水稻基因组为例)与高等动物基因组(可以以人类、果蝇等基因组为例)在基因结构层面展示出来的基本差异。 高等植物基因组与高等动物基因组在基因结构上的基本差异主要是生命组学的第一困境,即复制-转录负载困境。 机制: 1.从平衡流 ...