FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式
1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项： fastq文件必须是解压格式 ...
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fasta与fastq格式文件解读
1、FASTA文件的格式 在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元，各行记录信息如下： 第一 ...
linux 系统中shell实现将fasta文件的碱基转换为一行及还原
1、测试数据 2、 awk + sed实现 3、利用正则表达式及sed预存储还原 ...
fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分： （1）如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b： awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print "> ...
txt文件转为fasta文件
inf = "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test.txt"outf= "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test2.txt"def ...
文件格式——fastq格式
fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列（通常是核酸序列）以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式，多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行，第一行由'@'开始，后面 ...
FASTA文件分割
FASTA格式是一种用于记录序列的文本格式，在生信分析中经常会用到.fasta文件中往往储存成千上万条序列，而在某些时候，需要对文件进行分割，如分割成每个序列一个文件，或分割成较小的fasta文件 假如有如下数据： Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta ...