原文:DNA序列组装(贪婪算法)

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装 贪婪算法 原理:生物信息学 孙啸 大致思想: . 找到权值最大的边 . 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边 . 除去以最大权值边为终点为终点的边 . 重复上述步骤,得到所有符合条件的边 . 拼接得到的边 . 加入孤立点 如果有 。 附上Python代码,如果有问题我会及时更正 确实不太熟算法 DNA序列组装 贪婪算法 转载请保留出处 ...

2017-12-04 21:33 4 1428 推荐指数:

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利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
DNA序列对齐问题

一、问题描述 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题。 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度。 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D;空格可以插入 ...

Mon Nov 13 04:45:00 CST 2017 2 2262
算法贪婪算法基础

算法贪婪算法基础 理解贪心算法 说明   贪心算法是使所做的选择看起来都是当前最佳的,期望通过所做的局部最优选择来产生一个全局最优解。 设计贪心算法的步骤   1.将优化问题转换成这样一个问题,即先做出选择,再解决剩下的一个子问题。   2.证明原问题总是有一个最优解是贪心选择的得到 ...

Sun Mar 25 07:08:00 CST 2018 1 9066
DNA比对算法:BWT

BWT算法,实质上是前缀树的一种实现。那么什么是前缀树呢? 一、前缀树 对于问题p in S?如果S=rpq,那么p为S前缀rp的一个后缀。 于是,为了判断p in S 是否成立,我们找到S的所有前缀,然后逐一判断p是不是它们的后缀。为了加快效率,我们将所有的前缀建成一颗树,这棵树便是 ...

Tue May 16 03:28:00 CST 2017 2 5981
贪婪算法回顾

回顾 还记的贪婪算法么? 如果你不记得了, 看了下面这个例子你一定会想起来, 因为这个例子太普遍了, 几乎每个将贪婪算法的地方, 第一个例子都是它, 言归正传. 问题: 现在有如下课程表, 要将这些课尽可能多的安排在教室A内. 课程名 开始时间 结束时 ...

Thu May 30 07:49:00 CST 2019 1 433
贪婪算法(Greedy Algorithm)

Greedy Algorithm 《数据结构与算法——C语言描述》 图论涉及的三个贪婪算法 Dijkstra 算法 Prim 算法 Kruskal 算法 Greedy 经典问题:coin change 在每一个阶段,可以认为所作决定是好的,而不考虑将来的后果 ...

Mon Jun 27 15:42:00 CST 2016 0 4197
贪婪算法--Python

''' 贪婪算法: 每步都采取最优的做法,即每步都选择局部最优解,最终得到的就是全局最优解。 ''' ''' 假设你办了个广播节目,要让全美50个州的听众都收听得到。为此你需要决定在哪些广播台播出。 在每个广播台播出都需要支付费用,因此你力图在尽可能少的广播台播出。 使用贪婪算法 ...

Wed Jun 27 22:44:00 CST 2018 0 1047
 
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