生物信息学原理作业第二弹：利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理：https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...

BWT算法，实质上是前缀树的一种实现。那么什么是前缀树呢？ 一、前缀树 对于问题p in S？如果S=rpq，那么p为S前缀rp的一个后缀。 于是，为了判断p in S 是否成立，我们找到S ...

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对（或多序列联配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

一、问题描述 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题。 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度，其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度。 给定两个DNA序列A和B，对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中，得到具有相同长度的对齐后的序列C和D；空格可以插入 ...

生物信息学原理作业第四弹：DNA序列组装（贪婪算法） 原理：生物信息学（孙啸） 大致思想： 　　　　　　1. 找到权值最大的边； 　　　　　　2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边； 　　　　　　3. 除去以最大权值边为终点为终点的边； 　　　　　　4. 重复上述步骤，得到所有 ...

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...

用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大，其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File ...

目录 目标物种和序列 相关Seq列表 多序列比对的原理和方法 相关的工具 建树的几种方法 实际操作 Muscle&ClustalW 可视化 ...