fasta文件中序列的排序
同样的名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如： > ...
原文：Linux文件排序和FASTA文件操作
文件排序 seq: 产生一系列的数字 man seq查看其具体使用。我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件。 产生从 到 的数，步长为 seq 产生从 到 的数，步长为 ，用空格分割 seq s 产生从 到 的数，步长为 如果有 个数，中间的数为步长，最后一个始终为最大值 seq s cat lt seq lt seq gt test cat test sort: 排序，默认按字符编码排序 ...
2017-08-26 21:38 0 1513 推荐指数：
相关推荐
fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分： （1）如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b： awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print "> ...
FASTA文件分割
FASTA格式是一种用于记录序列的文本格式，在生信分析中经常会用到.fasta文件中往往储存成千上万条序列，而在某些时候，需要对文件进行分割，如分割成每个序列一个文件，或分割成较小的fasta文件 假如有如下数据： Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta ...
txt文件转为fasta文件
inf = "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test.txt"outf= "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test2.txt"def ...
统计 fasta 文件序列长度及 GC 含量
注：该脚本适用于序列不断开的情况 可用一下命令将折行的序列合并为一行 运行脚本 升级版，输入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件， 用 python 的内置函数 count() 的计算速度更快。 ...
FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式
1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项： fastq文件必须是解压格式 ...
Perl FASTA文件拆分合并
1、合并并转化一代测序seq纯文本为fasta格式文件 2、合并文件夹下的纯文本文件 3、批量序列拼接 use strict; use warnings; open T, "<T_a.fas"; open R, "<R_a.fas ...
fasta与fastq格式文件解读
1、FASTA文件的格式 在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元，各行记录信息如下： 第一 ...