Falcon：三代reads比对组装工具箱
主页：github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads，从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一组简单的代码集合，我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。 为了提高计算速度，它有 ...
原文：三代测序组拼接组装工具Falcon
基因组装配工具Falcon工作流程 Falcon简介Falcon Fast Alignment and CONsensus ，是由PacBio 太平洋生物科技公司 新开发的二倍体基因组从头拼接组装工具，由HGAP Hierarchical Genome Assembly Process 扩展而来，但拥有更快的拼接组装效率。Falcon的正常运行，需要DAZZ DB模块用来构建序列的数据库，DALI ...
2017-08-21 17:37 0 3362 推荐指数：
相关推荐
三代全长转录组测序和组装
这些三代全长转录组测序的相关问题，可以帮到爱学习的我哦 1.什么是三代全长转录组测序 三代全长转录组测序，即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术，实现了无需拼接的转录本分析，克服了传统二代转录 ...
三代全长转录组测序
“三代转录组”是什么？对于混迹在科研领域的一员，如果现在还不了解全长转录组测序，恐怕都不好意思说自己了解高通量测序了呢！ 今天小编总结了一些三代全长转录组测序的相关问题，给大家来一个详细全面的解释，希望可以帮到爱学习的您哦！ 1.什么是三代全长转录组测序 三代全长转录组测序，即利用 ...
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D：ONT平台仅测一个DNA分子的一条链，测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D：bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...
一 二 三代测序技术
在日常的科研中我们时不时的会听到小伙伴们在讨论那些关于测序的东西，什么高通量测序，二代测序，Sanger测序等等。今天我们就用最简单的言语来讲解一下这三种测序技术。 一代测序技术，也被称为Sanger测序，其实是由一个叫Sanger的人发明的一种测序方式。其利用了双脱氧核苷酸会终止PCR的原理 ...
Flye 三代组装
Flye: 原始 PB / ONT reads 作为输入文件，输出 polished contigs文件 Genome Data Asm.Size ...
三代测序
三代测序 6.1 三代测序就是指单分子测序。 对于三代测序，存在多种定义。我们采用其中最简单易懂的那种。此种定义之下的三代测序技术，原本三足鼎立，不幸最早出现的Helicos早早谢幕，后来虽有科学家出大力进行挽救，也没有抢救成功，以致如今剩下Nanopore和PacBio双雄并峙。 三代 ...
「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
对初步组装进行polish 以FASTA和BAM文件作为输入，根据比对结果对输入的参考基因组进行提高，包括 单碱基差异 小的插入缺失(indels) 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装 最后输出polish后的FASTA ...