原文:BWA/BWT 比对软件

名称 bwa Burrows Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列比对注意事项 比对精确性 估计插入大小分布 内存需求 速度 Bwa . 中的改变 其他 作者 引用与授权 历史 摘要 b w a i n d e x r e f . f a b w a m e m r e f . f a r e a d s . f q gt a l ...

2017-07-09 10:52 0 6091 推荐指数:

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bwa比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明

一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...

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DNA比对算法:BWT

BWT算法,实质上是前缀树的一种实现。那么什么是前缀树呢? 一、前缀树 对于问题p in S?如果S=rpq,那么p为S前缀rp的一个后缀。 于是,为了判断p in S 是否成立,我们找到S的所有前缀,然后逐一判断p是不是它们的后缀。为了加快效率,我们将所有的前缀建成一颗树,这棵树便是 ...

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比对工具之 BWA 使用方法

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muscle 软件进行多序列比对

今天在使用muscle 软件进行多序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...

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生物信息bowtie比对软件的结果格式说明

生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...

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比对软件之STAR的使用方法

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1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷 ...

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