一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
名称 bwa Burrows Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列比对注意事项 比对精确性 估计插入大小分布 内存需求 速度 Bwa . 中的改变 其他 作者 引用与授权 历史 摘要 b w a i n d e x r e f . f a b w a m e m r e f . f a r e a d s . f q gt a l ...
2017-07-09 10:52 0 6091 推荐指数:
一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
BWT算法,实质上是前缀树的一种实现。那么什么是前缀树呢? 一、前缀树 对于问题p in S?如果S=rpq,那么p为S前缀rp的一个后缀。 于是,为了判断p in S 是否成立,我们找到S的所有前缀,然后逐一判断p是不是它们的后缀。为了加快效率,我们将所有的前缀建成一颗树,这棵树便是 ...
BWA算法简介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装: BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少) 具体命令 ...
An illustration of relationships between alignment methods. The applications / correspondin ...
今天在使用muscle 软件进行多序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...
生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...
建索引 普通比对 二次比对 用于cufflinks和stringtie的比对 待续~ 参考:比对软件STAR的简单使用 ...
1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷 ...