原文:差异表达基因分析:差异倍数(fold change), 差异的显著性(P-value) | 火山图

Differential gene expression analysis:差异表达基因分析 Differentially expressed gene DEG :差异表达基因 Volcano Plot:火山图 差异倍数 fold change fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为 ,B表达值为 ,那么B的表达就是A的 倍。一般我们都用count TPM或FPKM来衡量基 ...

2017-08-16 12:08 0 79378 推荐指数:

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P值(P-value),“差异具有显著性”和“具有显著差异

郑冰刚提到P值,说P值的定义(着重号是笔者加的,英文是从WikiPedia摘来的): P值就是当原假设为真时,比所得到的样本观察结果更极端的结果出现的概率。 The P-value is the probability of obtaining a result ...

Fri Aug 05 02:55:00 CST 2016 0 54816
NMDS分析+ANOSIM组间差异显著性检验

NMDS分析,即非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling)是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。其基本特征是将对象间的相似或相异性数据看成点间距离的单调函数,在保持 ...

Mon Dec 30 02:20:00 CST 2019 0 1032
如何判断组之间是否有显著性差异

怎么知道组之间是否有显著性差异? 方法:单因素方差分析;双尾检验;K-S检验;x²检验;蒙特卡罗检验 1 K-S检验法介绍: 有人首先想到单因素方差分析或双尾检验(2 tailed TEST)。其实这些是不准确的,最好采用Kolmogorov-Smirnov test(柯尔莫诺夫-斯米尔 ...

Sat Dec 29 05:26:00 CST 2018 0 12693
R语言可视化学习笔记之添加p-value显著性标记

R语言可视化学习笔记之添加p-value显著性标记 http://www.jianshu.com/p/b7274afff14f?from=timeline 上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集 ...

Mon Nov 20 07:36:00 CST 2017 0 13114
差异表达分析之FDR

差异表达分析之FDR 随着测序成本的不断降低,转录组测序分析已逐渐成为一种很常用的分析手段。但对于转录组分析当中的一些概念,很多人还不是很清楚。今天,小编就来谈谈在转录组分析中,经常会遇到的一个概念FDR,那什么是FDR?为什么要用FDR呢?一起来学习吧! 什么是FDR ...

Wed Nov 07 06:42:00 CST 2018 0 1757
【转录组入门】7:差异基因分析

作业要求: 使用R语言,载入表达矩阵,然后设置好分组信息,统一用DEseq2进行差异分析,当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 【1】安装DESeq2 DESeq2对于输入数据 ...

Wed Jul 04 05:47:00 CST 2018 0 5049
 
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