原文:FunGene 功能基因数据库

背景: SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究,但是它有一些明显的限制,比如 S rRNA基因在物种中会有多个拷贝,而且,由于 S rRNA基因的进化速率较慢,在物种间保守,会存在多个物种的基因完全相同的情况,而且由于基因水平转移的发生,即使亲缘关系较远的物种,也可能出现基因序列完全相同的情况,更进一步讲,我们分析时通常只采用 S rRNA基因的某些区域,这导致物种间扩增出来的片 ...

2017-07-05 10:56 0 2077 推荐指数:

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抗性基因数据库CARD介绍

随着抗生素药物的发现及使用,越来越多的耐药菌株由此产生。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本,因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。目前,通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制,为疾病的治疗、药物研发提供参考。ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因数据库,但它 ...

Fri Aug 03 19:27:00 CST 2018 0 2141
人类基因组在三大基因数据库中的不同版本

数据分析中,经常需要下载物种的参考基因组序列,这时有很多数据库可以选择,比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库,或者该物种特有的数据库, 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种,编号不统一,在这里整理一下它们之间 ...

Mon Feb 15 01:49:00 CST 2016 0 5823
GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因功能注释 | 代谢通路富集

一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...

Thu Jan 19 01:37:00 CST 2017 0 41736
基因数据库

植物基因数据库:1、NCBI中的genome,直接下载NCBI上的基因组文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因数据库(包含约30个左右的植物,具体查看:) 30个左右植物基因组对应列表 下载 http ...

Sun Jun 07 05:11:00 CST 2020 0 1657
FusionCancer-人类癌症相关的融合基因数据库

RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因数据也不断增加; FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因数据库,利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据,采用tophat-fusion ...

Tue Sep 26 23:01:00 CST 2017 2 2635
HGNC 数据库-人类基因数据库

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http ...

Mon May 15 18:39:00 CST 2017 0 7893
Cistrome数据库挖掘转录因子靶基因 | TF | target

进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target ...

Thu Apr 01 04:26:00 CST 2021 0 260
 
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