【Perl】如何安装Bioperl模块？
目录 失败尝试一：使用cpanm 失败尝试二：使用CPAN 成功尝试：直接conda安装bioperl 没有尝试：源码安装bioperl 生信软件绕不过Perl，Perl绕不过Bioperl。而Bioperl的安装总让人头大，尤其是对普通用户。以下错误 ...
原文：利用Bioperl的SeqIO模块解析fastq文件
测序数据中经常会接触到fastq格式的文件，比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基。一般而言大家都是用现有的工具，比如说fastqc这个Java写的小程序，确实很好用，运行速度快，检查的项目也多。有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析，那么这个时候这些小工具就不能胜任了，需要我们自己写程序 脚本 来处理。本人目前才疏学浅，因此只有一下三种方案： .完全自己 ...
2017-07-03 00:02 0 2332 推荐指数：
相关推荐
文件格式——fastq格式
fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列（通常是核酸序列）以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式，多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行，第一行由'@'开始，后面 ...
二代测序的fastq文件格式介绍
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式
1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项： fastq文件必须是解压格式 ...
Biopython SeqIO 读取序列文件，读取信息，写入序列
Biopython1.序列赋值 转录（反转录） 翻译 反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性：seq :一条生物序列id：基本ID，标识这条序列name：常用分子的名称description：序列分子的描述letter_annotation ...
Biopython SeqIO 读取序列文件，读取信息，写入序列
Biopython 1.序列赋值 转录（反转录） 翻译 反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。 SeqRecord提供序列及其注释的容器属性： seq :一条生物序列id：基本ID，标识这条序列name：常用分子的名称description：序列分子的描述 ...
统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件
二代测序的分析过程中，经常需要统计原始下机数据的数据量，看数据量是否符合要求；另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标； 在kseq.h 的基础上稍加改造，就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能，而且速度非常的快 源代码保存为 parse.c ...
fasta与fastq格式文件解读
1、FASTA文件的格式 在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元，各行记录信息如下： 第一 ...