原文:tophat的用法

概述:tophat是以bowtie 为核心的一款比对软件。 tophat工作分两步: .将reads用bowtie比对到参考基因组上。 .将unmapped reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点。 用法:tophat options lt index base gt lt reads , ,readsN gt reads , readsN lt i ...

2017-07-01 22:31 0 2278 推荐指数:

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TopHat2 的安装

安装 TopHat2 下载最新预编译版本 解压 加入 PATH 即可 测试 应该就看到各种信息,包括版本,基本用法等,这样 tophat2 就算安装完成了。 ...

Thu Sep 24 18:17:00 CST 2015 0 2142
tophat输出结果junction.bed

tophat输出结果junction.bed BED format BED format provides a flexible way to define the data ...

Thu Oct 03 16:56:00 CST 2013 1 3140
使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 处理RNA-SEQ数据

未经本人授权禁止转载。 1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok,suse上编译装的,中间包依赖有问题,可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok,suse上执行的时候报找不到samtools,但是官网上手册说tophat2不需要 ...

Tue Jan 19 22:36:00 CST 2016 0 2847
${ }的用法

假設我們定義了一個變量為: file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 我們可以用 ${ } 分別替換獲得不同的值: ${file#*/}:拿掉第一條 / 及其左邊的字串:dir ...

Thu Aug 07 04:46:00 CST 2014 0 23943
用法

<a class="txt-impt" href=".do?from=exit&area=quan_pop" target="_blank">学习a</a><a ...

Sat Apr 07 20:47:00 CST 2012 1 9951
if not用法

python中判断变量是否为None三种写法:   1、if x is None   2、if not x   3、if not x is None 理解成 if not (x is None ...

Wed Mar 03 23:41:00 CST 2021 0 587
 
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