人类基因组在三大基因数据库中的不同版本
在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列，这时有很多数据库可以选择，比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库，或者该物种特有的数据库， 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种，编号不统一，在这里整理一下它们之间 ...
原文：HGNC 数据库-人类基因组数据库
HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会，负责对人类基因组上包括蛋白编码基因， 基因，甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的，标准的，可以广泛传播的symbol 数据库的主页为 http: www.genenames.org 对于每个 的基因来说，在 数据库中会有一个数字标识的唯一 ， 也会有一个唯一的 ， 数据库提供了 ...
2017-05-15 10:39 0 7893 推荐指数：
相关推荐
人类基因组概况--整理
人类基因组概况： 人类基因组由ATCG四种碱基组成，但是CG的含量低于50%，所以CG含量低于AT含量。 一个基因组的dna大约3ug。 snp： 平均每100到1000个碱基会出现1个SNPs，不过密度并不 ...
基因组数据库
植物基因组数据库：1、NCBI中的genome，直接下载NCBI上的基因组文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因组数据库（包含约30个左右的植物，具体查看:） 30个左右植物基因组对应列表 下载 http ...
用Annovar注释非人类基因组，如小鼠mm9
annovar一般只包含人类基因组注释数据库，其他的物种如小鼠需要自己进行建立注释信息。 第一步：下载annovar软件上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件 ...
千人基因组计划数据库下载某段区域SNP
/DataSlicer 假定要寻找“6:133098746-133108745”这段距离的SNP数据，“6”表示 ...
FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库
RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现，在过去的十几年里，RNA-seq 测序数据不断增加，发现的融合基因的数据也不断增加； FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库，利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据，采用tophat-fusion ...
antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测
2017年4月28日，核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上，在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版，前3版年均引用250次，累计引物1600+；可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测 ...
利用千人基因组数据库查看SNP在不同地区、国家、洲的频率及个数
首先，进入千人基因组数据库的网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下图所示，在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP，比如rs608139 搜索后出现如下界面，黄色区域是我们感兴趣的SNP，红色框框 ...