原文:二代测序的fastq文件格式介绍

HWUSI EAS R: : : : GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT HWUSI EAS R: : : : . CCF gt gt gt gt gt gt CCCCCCC 其中第一行以 开头,后面是 reads 的 ID 以及其他信息,例如上例中 HWUSI EAS R 代表 Illmina 设备名称, 代表 ...

2017-05-09 16:38 0 1564 推荐指数:

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二代测序技术总结

二代测序技术比较: 公司 平台名称 测序方法 检测方法 读长(bp) 优点 相对局限性 罗氏/454 基因组测序仪 ...

Sat Nov 03 18:36:00 CST 2018 0 1620
二代测序---质量控制篇

原文:http://www.biostars.org/p/53528/ This tutorial also serves as the supporting information for Lec ...

Tue Mar 18 16:50:00 CST 2014 0 2622
文件格式——fastq格式

fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面 ...

Wed May 03 19:36:00 CST 2017 0 1266
生信学习-二代测序知乎专栏总结[转]

转自:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684 1.基本概念 flowcell 是指Illumina测序时,测序反应发生的位置,1个flowcell含有8条lane lane 每一个flowcell上都有8条泳道,用于测序反应,可以添加试剂,洗脱 ...

Fri Oct 12 06:56:00 CST 2018 0 1753
FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式

1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项: fastq文件必须是解压格式 ...

Sat Sep 23 01:10:00 CST 2017 0 4317
为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象?

为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取; DNA随机打断,最常用的是超声打断; 对被打 ...

Fri Oct 19 04:49:00 CST 2018 0 1829
 
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