1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量 ...
FASTA文件的格式 在生物信息学中,FASTA格式 又称为Pearson格式 是一种基于文本的 用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元,各行记录信息如下: 第一行是由大于号 gt 开头的任意文字说明,用于序列标记,为了保证后续分析软件能够区分每条序列,单个序列的标识必须具 ...
2017-05-08 14:30 0 3327 推荐指数:
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1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项: fastq文件必须是解压格式 ...
1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列 ...
fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面 ...
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
PNG文件识别 之前写过《JPEG/Exif/TIFF格式解读(1):JEPG图片压缩与存储原理分析》,JPEG文件是以,FFD8开头,FFD9结尾,中间存储着以0xFFE0~0xFFEF 为标志的数据段。 对于一个PNG文件来说,其文件头总是由位固定的字节来描述的,HEX: 89 50 4E ...
FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式。为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码。最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基 ...