原文:利用千人基因组数据库查看SNP在不同地区、国家、洲的频率及个数

首先,进入千人基因组数据库的网站:https: www.ncbi.nlm.nih.gov variation tools genomes 如下图所示,在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP,比如rs 搜索后出现如下界面,黄色区域是我们感兴趣的SNP,红色框框是不同国家和地区在该SNP对应的频率和个数。 千人基因组数据库包括的国家和地区如下表所示。 国家 Continent Population A ...

2017-04-12 21:11 5 5341 推荐指数:

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基因组数据库

植物基因组数据库:1、NCBI中的genome,直接下载NCBI上的基因组文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因组数据库(包含约30个左右的植物,具体查看:) 30个左右植物基因组对应列表 下载 http ...

Sun Jun 07 05:11:00 CST 2020 0 1657
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
人类基因组在三大基因数据库中的不同版本

数据分析中,经常需要下载物种的参考基因组序列,这时有很多数据库可以选择,比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库,或者该物种特有的数据库, 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种,编号不统一,在这里整理一下它们之间 ...

Mon Feb 15 01:49:00 CST 2016 0 5823
HGNC 数据库-人类基因组数据库

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http ...

Mon May 15 18:39:00 CST 2017 0 7893
antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+;可实现基因组基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测 ...

Wed Aug 02 05:46:00 CST 2017 0 1296
如何从NCBI下载基因组数据

本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。 已知信息 例如:我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组,想从NCBI下载。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun ...

Fri Nov 24 17:59:00 CST 2017 0 9524
 
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