了很多基因功能注释数据库,。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和K ...
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http: www.webgestalt.org option.php GCLC TFPI HSPB TSPOAP I ...
2017-01-18 17:37 0 41736 推荐指数:
了很多基因功能注释数据库,。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和K ...
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明 ...
柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图(气泡图) ...
但凡是做过基因表达数据分析的(芯片、RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器。 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的。 而往往 ...
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法,以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息 ...
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional ...
参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis ...
) ##获取数据库 ah = AnnotationHub() 2. 搜索自己所需数据库并下载 re ...