1.supplementary alignment supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功,另一部分和参考区域2比对成功,参考区域1和参考区域2没 ...
现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA MEM arXiv: . v 摘要 BWA MEM is a new alignment algorithm for aligning seq ...
2016-12-27 17:32 0 11415 推荐指数:
1.supplementary alignment supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功,另一部分和参考区域2比对成功,参考区域1和参考区域2没 ...
一 建立索引 比对之前,需要对fasta文件构建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta 生成 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa ...
bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome ...
名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列 ...
Linux 内存概念 1.Linux mem/swap/buffers/cached区别 free命令相对于top,提供了更简洁的查看系统内存使用情况: mem:表示物理内存统计 buff/cache:表示物理内存的缓存统计 swap:表示硬盘上交换分区的使用情况 系统当前真正 ...
摘抄并用于自查 Linux mem/swap/buffers/cached区别 free命令相对于top,提供了更简洁的查看系统内存使用情况: # free -m mem:表示物理内存统计 buff/cache:表示物理内存的缓存统计 swap:表示硬盘 ...
本身是名Java开发,在做了一段大数据的工作后,猛然间想对Java做个总结。 从未写过技术博客,一时不知如何开始,思虑后,暂且以自己喜爱的方式来开篇。 工作中遇到过CPU或内存过高的问题,解决步骤 ...
在服务端,连接达到一定数量,诸如50W时,有些隐藏很深的问题,就不断的抛出来。 通过查看dmesg命令查看,发现大量TCP: too many of orphaned sockets错误,也很正常,下 ...