原文:BWA MEM算法

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA MEM arXiv: . v 摘要 BWA MEM is a new alignment algorithm for aligning seq ...

2016-12-27 17:32 0 11415 推荐指数:

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bwa用法

一 建立索引   比对之前,需要对fasta文件构建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta   生成 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa ...

Tue Jan 03 06:04:00 CST 2017 0 5061
bwa的使用方法

bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome ...

Fri Mar 06 03:17:00 CST 2015 0 23426
BWA/BWT 比对软件

名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列 ...

Sun Jul 09 18:52:00 CST 2017 0 6091
linux 内存之Mem和Swap

Linux 内存概念 1.Linux mem/swap/buffers/cached区别 free命令相对于top,提供了更简洁的查看系统内存使用情况: mem:表示物理内存统计 buff/cache:表示物理内存的缓存统计 swap:表示硬盘上交换分区的使用情况 系统当前真正 ...

Sat Jan 30 18:07:00 CST 2021 0 378
Linux内存 mem 和 swap

摘抄并用于自查 Linux mem/swap/buffers/cached区别   free命令相对于top,提供了更简洁的查看系统内存使用情况:   # free -m   mem:表示物理内存统计   buff/cache:表示物理内存的缓存统计   swap:表示硬盘 ...

Wed Sep 11 22:43:00 CST 2019 0 4219
一.CPU,Mem过高怎么办 --这是个开始

本身是名Java开发,在做了一段大数据的工作后,猛然间想对Java做个总结。 从未写过技术博客,一时不知如何开始,思虑后,暂且以自己喜爱的方式来开篇。 工作中遇到过CPU或内存过高的问题,解决步骤 ...

Tue Jul 25 04:48:00 CST 2017 0 1187
百万并发之 tcp_mem

在服务端,连接达到一定数量,诸如50W时,有些隐藏很深的问题,就不断的抛出来。 通过查看dmesg命令查看,发现大量TCP: too many of orphaned sockets错误,也很正常,下 ...

Fri Sep 15 01:18:00 CST 2017 0 2860
 
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