原文:比对软件 - 专题

An illustration of relationships between alignment methods. The applications corresponding computational restrictions shown are green short pairwise alignment detailed edit model yellow database sear ...

2016-12-20 15:29 0 4989 推荐指数:

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BWA/BWT 比对软件

名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列 ...

Sun Jul 09 18:52:00 CST 2017 0 6091
muscle 软件进行多序列比对

今天在使用muscle 软件进行多序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...

Tue Jun 27 22:20:00 CST 2017 0 2409
生物信息bowtie比对软件的结果格式说明

生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...

Fri May 10 21:12:00 CST 2019 0 580
比对软件之STAR的使用方法

建索引 普通比对 二次比对 用于cufflinks和stringtie的比对 待续~ 参考:比对软件STAR的简单使用 ...

Tue Mar 27 22:19:00 CST 2018 0 1647
比对软件Blast,Blast+,Diamond比较

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷 ...

Thu Feb 28 06:15:00 CST 2019 0 2266
Diamond软件比对蛋白质数据库

参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...

Thu Feb 01 01:56:00 CST 2018 0 1231
bwa比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明

一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...

Sat May 18 21:06:00 CST 2019 0 2596
 
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