名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列 ...
An illustration of relationships between alignment methods. The applications corresponding computational restrictions shown are green short pairwise alignment detailed edit model yellow database sear ...
2016-12-20 15:29 0 4989 推荐指数:
名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列 ...
今天在使用muscle 软件进行多序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...
生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...
建索引 普通比对 二次比对 用于cufflinks和stringtie的比对 待续~ 参考:比对软件STAR的简单使用 ...
1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷 ...
参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...
参考网址:http://blog.sciencenet.cn/blog-759995-990471.html 【感谢原作者】 ...
一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...