原文:三代PacBio reads纠错 - 专题

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具。 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的。 目前的算法大致可以分为三种: .三代数据自纠 .二代对三代纠 .二代三代混合纠错。 目前已有的三代纠错程序 PBcR既能自纠,也能二代纠三代 : MHAP ...

2016-11-24 16:28 0 6548 推荐指数:

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Falcon:三代reads比对组装工具箱

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。 为了提高计算速度,它有 ...

Mon Aug 01 17:10:00 CST 2016 0 5032
三代PacBio测序技术的测序原理和读长

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长 DNA基因测序技术从上世纪70年起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术 ...

Tue May 14 04:20:00 CST 2019 0 469
PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析

读透一篇文章比粗读100篇文章都要有用!!! 参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段。但二的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装。可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录 ...

Wed Jan 04 22:46:00 CST 2017 0 6854
三代基因组consensus:Minimap+miniasm组装,racon+pilon纠错

用Li Heng开发的Minimap+miniasm进行组装,然后用racon+pilon进行纠错三代测序拼装软件,三代测序平台 Nanopore / Pacbio 产生的数据的一个共同点就是,读长长,错误率高,在用于分析之前需要对数据进行特殊处理(consensus,纠错),再进行拼装任务 ...

Wed Oct 30 17:36:00 CST 2019 0 895
PacBioreads的大基因组组装

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBioreads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...

Sun Jun 12 21:17:00 CST 2016 0 4778
一 二 三代测序技术

在日常的科研中我们时不时的会听到小伙伴们在讨论那些关于测序的东西,什么高通量测序,二测序,Sanger测序等等。今天我们就用最简单的言语来讲解一下这三种测序技术。 一测序技术,也被称为Sanger测序,其实是由一个叫Sanger的人发明的一种测序方式。其利用了双脱氧核苷酸会终止PCR的原理 ...

Sun May 19 18:37:00 CST 2019 0 1069
三代测序

三代测序 6.1 三代测序就是指单分子测序。 对于三代测序,存在多种定义。我们采用其中最简单易懂的那种。此种定义之下的三代测序技术,原本三足鼎立,不幸最早出现的Helicos早早谢幕,后来虽有科学家出大力进行挽救,也没有抢救成功,以致如今剩下Nanopore和PacBio双雄并峙。 三代 ...

Tue Sep 22 02:09:00 CST 2020 0 809
Flye 三代组装

Flye: 原始 PB / ONT reads 作为输入文件,输出 polished contigs文件 Genome Data Asm.Size NG50 CPU time RAM ...

Tue Nov 05 17:53:00 CST 2019 0 340
 
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