原文:PBcR - 纠错及组装算法

单分子测序reads PB 的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法 PacBioToCA ,纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法 ...

2016-11-15 23:38 0 1500 推荐指数:

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关于数据校验纠错算法

最近对于数据传输的噪音损耗问题的解决方案查了些资料 就此做一个总结:   数据损坏     因为网线被老鼠啃了或者硬盘摔地上了导致数据错了     关于数据损坏的问题其实不限于网络传输方 ...

Mon Aug 19 07:52:00 CST 2019 0 570
ECC纠错算法

ECC的全称是Error Checking and Correction,是一种用于Nand的差错检测和修正算法。如果操作时序和电路稳定性不存在问题的话,NAND Flash出错的时候一般不会造成整个Block或是Page不能读取或是全部出错,而是整个Page(例如512Bytes)中只有一个 ...

Wed Apr 22 21:38:00 CST 2020 0 1576
DNA序列组装(贪婪算法

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想:       1. 找到权值最大的边;       2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边;       3. 除去以最大权值边为终点为终点的边;       4. 重复上述步骤,得到所有 ...

Tue Dec 05 05:33:00 CST 2017 4 1428
基因组组装算法

因组序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错

目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组,肯定是首选。对于简单基因组,我跑了下,结果不佳。提了issue,张老师特意开发 ...

Mon Mar 29 07:18:00 CST 2021 0 1036
三代基因组consensus:Minimap+miniasm组装,racon+pilon纠错

用Li Heng开发的Minimap+miniasm进行组装,然后用racon+pilon进行纠错。 三代测序拼装软件,三代测序平台 Nanopore / Pacbio 产生的数据的一个共同点就是,读长长,错误率高,在用于分析之前需要对数据进行特殊处理(consensus,纠错),再进行拼装任务 ...

Wed Oct 30 17:36:00 CST 2019 0 895
拼写纠错的利器,BK树算法

BK树或者称为Burkhard-Keller树,是一种基于树的数据结构,被设计于快速查找近似字符串匹配,比方说拼写纠错,或模糊查找,当搜索”aeek”时能返回”seek”和”peek”。 本文首先剖析了基本原理,并在后面给出了Java源码实现。 BK树在1973年由Burkhard ...

Wed Jul 27 05:02:00 CST 2016 1 5415
 
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