最近对于数据传输的噪音损耗问题的解决方案查了些资料 就此做一个总结: 数据损坏 因为网线被老鼠啃了或者硬盘摔地上了导致数据错了 关于数据损坏的问题其实不限于网络传输方 ...
单分子测序reads PB 的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法 PacBioToCA ,纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法 ...
2016-11-15 23:38 0 1500 推荐指数:
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ECC的全称是Error Checking and Correction,是一种用于Nand的差错检测和修正算法。如果操作时序和电路稳定性不存在问题的话,NAND Flash出错的时候一般不会造成整个Block或是Page不能读取或是全部出错,而是整个Page(例如512Bytes)中只有一个 ...
目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 ...
生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 找到权值最大的边; 2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边; 3. 除去以最大权值边为终点为终点的边; 4. 重复上述步骤,得到所有 ...
因组序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...
目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组,肯定是首选。对于简单基因组,我跑了下,结果不佳。提了issue,张老师特意开发 ...
用Li Heng开发的Minimap+miniasm进行组装,然后用racon+pilon进行纠错。 三代测序拼装软件,三代测序平台 Nanopore / Pacbio 产生的数据的一个共同点就是,读长长,错误率高,在用于分析之前需要对数据进行特殊处理(consensus,纠错),再进行拼装任务 ...
BK树或者称为Burkhard-Keller树,是一种基于树的数据结构,被设计于快速查找近似字符串匹配,比方说拼写纠错,或模糊查找,当搜索”aeek”时能返回”seek”和”peek”。 本文首先剖析了基本原理,并在后面给出了Java源码实现。 BK树在1973年由Burkhard ...