基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器
vcf文件的全称是variant call file，即突变识别文件，它是基因组工作流程中产生的一种文件，保存的是基因组上的突变信息。通过对vcf文件进行分析，可以得到个体的变异信息。嗯，总之，这是很重要的文件，所以怎么处理它也显得十分重要。它的文件信息如下： 文件的开头是一堆 ...
原文：pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python）
在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取 处理和创建bam vcf bcf文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools picard vcftools bcftools，但此类工具集成的大多是标准功能，在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活。 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib . samtools . 和 bcftools . 的核 ...
2016-09-26 12:58 0 8381 推荐指数：
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