原文:Falcon:三代reads比对组装工具箱

主页:github: PacificBiosciences FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。 为了提高计算速度,它有一些后台代码是使用C来实现的,为了方便一些简单的前端是用Python编写的。 Falcon不是一个傻瓜的组装工具 除了 ...

2016-08-01 09:10 0 5032 推荐指数:

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三代测序组拼接组装工具Falcon

基因组装配工具Falcon工作流程 1 Falcon简介Falcon (Fast Alignment and CONsensus),是由PacBio(太平洋生物科技公司)新开发的二倍体基因组从头拼接组装工具,由HGAP(Hierarchical Genome Assembly Process ...

Tue Aug 22 01:37:00 CST 2017 0 3362
Flye 三代组装

Flye: 原始 PB / ONT reads 作为输入文件,输出 polished contigs文件 Genome Data Asm.Size NG50 CPU time RAM ...

Tue Nov 05 17:53:00 CST 2019 0 340
Matlab安装工具箱直接方法

Matlab安装工具箱: 将待安装工具文件夹放入D:\matlaban\toolbox下 >> str=[matlabroot,'\toolbox\matpower7.0'] str =D:\matlaban\toolbox\matpower7.0 >> ...

Mon Jul 15 19:42:00 CST 2019 0 1115
项目实战安装工具箱Busybox

1.Busybox是一个集成了100多个最常用Linux命令的软件工具箱,他在单一的可执行文件中提供了精简的UNIX工具集。该工具箱中包含了常见简单实用的工具如cat、echo、grep、find、mount、telnet等。Busybox是linux系统的瑞士军刀。 2.搜索Busybox镜像 ...

Tue Apr 10 04:54:00 CST 2018 0 3794
三代PacBio reads纠错 - 专题

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具。 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的。 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠 ...

Fri Nov 25 00:28:00 CST 2016 0 6548
三代全长转录组测序和组装

这些三代全长转录组测序的相关问题,可以帮到爱学习的我哦 1.什么是三代全长转录组测序 三代全长转录组测序,即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术,实现了无需拼接的转录本分析,克服了传统二转录 ...

Tue Jun 30 23:16:00 CST 2020 0 2071
ArcToolbox工具箱

3D Analyst 工具 Data Interoperability Tools Geostatistical Analyst 工具 Network Analyst 工具 Schematics 工具 Spatial Analyst 工具 Tracking Analyst 工具 编辑工具 地理编码 ...

Fri Oct 08 00:33:00 CST 2021 0 113
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估

三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...

Tue May 14 23:46:00 CST 2019 0 1286
 
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