原文:人类基因组在三大基因数据库中的不同版本

在数据分析中,经常需要下载物种的参考基因组序列,这时有很多数据库可以选择,比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库,或者该物种特有的数据库, 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种,编号不统一,在这里整理一下它们之间的关系,以人类基因组为例: 在NCBI中,对于不同的拼装版本,以NCBI Build Number 进行区 ...

2016-02-14 17:49 0 5823 推荐指数:

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HGNC 数据库-人类基因组数据库

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http ...

Mon May 15 18:39:00 CST 2017 0 7893
人类基因组概况--整理

人类基因组概况:             人类基因组由ATCG四种碱基组成,但是CG的含量低于50%,所以CG含量低于AT含量。         一个基因组的dna大约3ug。   snp:     平均每100到1000个碱基会出现1个SNPs,不过密度并不 ...

Thu Mar 26 15:18:00 CST 2020 0 1514
用Annovar注释非人类基因组,如小鼠mm9

annovar一般只包含人类基因组注释数据库,其他的物种如小鼠需要自己进行建立注释信息。 第一步:下载annovar软件上Annovar官网下载(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/),现在要邮件 ...

Tue Jul 04 05:19:00 CST 2017 0 1576
抗性基因数据库CARD介绍

随着抗生素药物的发现及使用,越来越多的耐药菌株由此产生。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本,因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。目前,通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制,为疾病的治疗、药物研发提供参考。ARDB是最先整合了各种微生物抗药基因数据库,但它 ...

Fri Aug 03 19:27:00 CST 2018 0 2141
FunGene 功能基因数据库

背景:16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究,但是它有一些明显的限制,比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝,而且,由于16S rRNA基因的进化速率较慢,在物种间保守,会存在多个物种的基因完全相同的情况,而且由于基因水平转移的发生,即使亲缘关系较远的物种,也可能出现 ...

Wed Jul 05 18:56:00 CST 2017 0 2077
基因组数据库

植物基因组数据库:1、NCBI的genome,直接下载NCBI上的基因组文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因组数据库(包含约30个左右的植物,具体查看:) 30个左右植物基因组对应列表 下载 http ...

Sun Jun 07 05:11:00 CST 2020 0 1657
人类线粒体基因组简介

rRNA 基因: 在人类的线粒体基因组,轻链共有9个基因,其中8个基因都是编码tRNA; 重链共有 ...

Wed Jun 28 01:39:00 CST 2017 0 8083
 
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