原文:tophat cufflinks cuffcompare cuffmerge 的使用

Cole Trapnellsaid: there are three strategies: merge bams and assemble in a single run of Cufflinks assemble each bam and cuffcompare them to get a combined.gtf assemble each bam and cuffmerge them to ...

2015-12-23 20:46 0 1924 推荐指数:

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使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 处理RNA-SEQ数据

未经本人授权禁止转载。 1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok,suse上编译装的,中间包依赖有问题,可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok,suse上执行的时候报找不到samtools,但是官网上手册说tophat2不需要 ...

Tue Jan 19 22:36:00 CST 2016 0 2847
tophat的用法

概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件。 tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上。 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点。 用法:tophat ...

Sun Jul 02 06:31:00 CST 2017 0 2278
【Python学习】cufflinks模块

学过Python数据分析的朋友都知道,在可视化的工具中,有很多优秀的三方库,比如matplotlib,seaborn,plotly,Boken,pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点,在实际应用中也广为大家使用。 plotly、Boken等都是交互式 ...

Tue Jan 11 06:59:00 CST 2022 0 718
TopHat2 的安装

安装 TopHat2 下载最新预编译版本 解压 加入 PATH 即可 测试 应该就看到各种信息,包括版本,基本用法等,这样 tophat2 就算安装完成了。 ...

Thu Sep 24 18:17:00 CST 2015 0 2142
tophat输出结果junction.bed

tophat输出结果junction.bed BED format BED format provides a flexible way to define the data ...

Thu Oct 03 16:56:00 CST 2013 1 3140
转录组的组装Stingtie和Cufflinks

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量。前者于2016年 ...

Sat Nov 10 05:13:00 CST 2018 0 1137
炫酷的可视化工具包——cufflinks

前言 学过Python数据分析的朋友都知道,在可视化的工具中,有很多优秀的三方库,比如matplotlib,seaborn,plotly,Boken,pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点,在实际应用中也广为大家使用。 plotly、Boken等都是交互式的可视化工具,结合 ...

Mon Jul 22 23:38:00 CST 2019 0 3348
 
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