Bowtie2的安装与使用
Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组，与常规的比对软件不同的是（如blast），Bowtie在比对比较短的reads（less ...
原文：比对程序 Bowtie2 的简单使用
主要简述 bowtie 的入门用法，完成从原始序列到最后完成mapping 之后的 sam格式文件。 参考文档 最重要的参考文档还是官方文档： Bowtie mannual Getting started with Bowtie 文献: Fast gapped read alignment with Bowtie 下载，安装 下载： bowtie . . 下载已经预编译好的软件即可。 安装： 先 ...
2015-09-21 21:43 0 2385 推荐指数：
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bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
转载自：https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组？ map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题，是基因组测序 ...
Hisat2 bowtie2比对结果解读（Hisat2 Alignment summary）
RNA-seq数据的比对结果怎么解读？网上有很多人问，这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的，如下： Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...
bowtie2 Linux安装
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使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 处理RNA-SEQ数据
未经本人授权禁止转载。 1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok，suse上编译装的，中间包依赖有问题，可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok，suse上执行的时候报找不到samtools，但是官网上手册说tophat2不需要 ...
bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列
/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa [2016-02-27 11:40: ...
安装生物信息学软件-bowtie2
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生物信息bowtie比对软件的结果格式说明
生物信息分析中会用到很多的比对软件，比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等，比对文件的标准格式是sam格式，但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式，由于bowtie适用于短序列比对，并且看突变碱基比较方便，因此它的默认输出格式还是有一定优势的，下面就来说明一下 ...