原文:[LeetCode] 187. Repeated DNA Sequences 求重复的DNA序列

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: ACGAATTCCG . When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write ...

2015-02-10 16:11 15 14020 推荐指数:

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利用python一段DNA序列的互补序列

代码如下: 这是将从一个txt文件中导入序列,然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。 如果一个段序列不长,直接中python交互式界面完成感觉更方便 先定义的一个字典: complement = {'C': 'G', 'G': 'C', 'T ...

Wed Jan 11 20:42:00 CST 2017 0 2648
DNA序列对齐问题

一、问题描述 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题。 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度。 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D;空格可以插入 ...

Mon Nov 13 04:45:00 CST 2017 2 2262
DNA序列组装(贪婪算法)

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想:       1. 找到权值最大的边;       2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边;       3. 除去以最大权值边为终点为终点的边;       4. 重复上述步骤,得到所有 ...

Tue Dec 05 05:33:00 CST 2017 4 1428
DNA序列局部比对(Smith–Waterman algorithm)

生物信息原理作业第三弹:DNA序列局部比对,利用Smith–Waterman算法,python3.6代码实现。 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比对 转载请保留 ...

Fri Dec 01 02:15:00 CST 2017 2 3366
选用DNA rm 还是DNA sm

本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 来源:嘉因 大家都会做方便面,有人做辛拉面,有人做三鲜伊面,工艺有何不同? ...

Fri Aug 09 16:37:00 CST 2019 0 416
利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
 
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