原文:alpha rarefaction using qiime

shannon菌群多样性指数 H Pi Pi Pi 样品中属于第i种的个体的比例,如样品总个体数为N,第i种个体数为ni,则Pi ni N 各种之间,个体分配越均匀,H值就越大。如果每一个体都属于不同的种,多样性指数就最大 如果每一个体都属于同一种,则其多样性指数就最小 Dominance:随即取两条序列,来自同一个样品的概率 Si Si N N simpson 菌群多样性指数 随机取样的两个个体 ...

2014-10-17 10:57 0 2950 推荐指数:

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ITS简要分析流程(using Qiime)

Qiime安装 参考资料:http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940101h2rp.html Qiime script官方说明http://qiime.org/scripts/index.html 一般ITS数据简要分析过程 reference下载 ...

Fri Sep 26 19:21:00 CST 2014 0 5175
QIIME1 聚OTU

qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo: pick_de_novo_otus.py closed-reference ...

Wed Jul 19 20:47:00 CST 2017 0 1261
Docker方式安装QIIME 2

# 下载最新版QIIME 2 docker pull qiime2/core:2017.7 # 测试是否安装成功 docker run -t -i -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 qiime2/core:2017.7 ...

Sun Aug 20 14:56:00 CST 2017 0 1132
QIIME2使用方法

1、数据准备 现在我们常用的就是这种格式的数据,每个样品一对数据文件 数据来源:https://docs.qiime2.org/2019.7/tutorials/importing/ 2、将数据转换为qza格式(qiime新定义的自己的格式类型,有点编程中对象的含义 ...

Mon Jun 17 06:53:00 CST 2019 0 2728
Alpha混合(一)Vertex Alpha

Vertex alpha Alpha混合通常是为了实现透明效果,透明效果的程度通过alpha值来控制,对于一个8bit的alpha chanel,可以产生0-255级透明效果,0表示完全透明,255表示完全不透明,在D3D中alpha值的来源主要有三种 顶点 材质 纹理 ...

Thu Aug 23 17:14:00 CST 2012 3 3542
Alpha 混合(三)Texture alpha

Texture alpha 前两篇分别学习了Vertex alpha和Material alpha,今天来研究一下Texture alpha,所谓Texture alpha就是使用Texture的alpha通道进行混合,这需要texture包含alpha通道。所以首先要为texture添加 ...

Fri Aug 31 17:05:00 CST 2012 0 3879
什么是Alpha通道?

图像处理(Alpha通道,RGB,...)祁连山(Adobe 系列教程)****的UI课程 一个也许很傻的问题,在图像处理中alpha到底是什么? Alpha通道是计算机图形学中的术语,指的是特别的通道,意思是“非彩色”通道,主要是用来保存选区和编辑选区。 为什么用‘Alpha’代表 ...

Mon May 09 19:14:00 CST 2016 0 24267
 
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