FASTQ格式
FASQT格式是用于存储生物序列（通常是核苷酸序列）及其相应的碱基质量分数的一种文本格式。为简洁起见，序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码。最初由Wellcome Trust Sanger Institute（桑格研究所）开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基 ...
原文：如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式)
sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式，而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq，从 http: trace.ncbi.nlm.nih.gov Traces sra sra.cgi cmd show amp f software amp m software amp s software下载相应的软件。或者下载最新的source code，在服务器上用make ...
2013-04-15 16:16 0 21763 推荐指数：
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SRA数据转成fastq
Downloading and installing the SRA Toolkit step1： 下载并安装SRAtoolkit （Download the Toolkit from the SRA website） If you are using a web ...
文件格式——fastq格式
fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列（通常是核酸序列）以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式，多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行，第一行由'@'开始，后面 ...
fasta/fastq格式解读
1）知识简介--------------------------------------------------------1.1）测序质量值 首先在了解fastq，fasta之前，了解一下什么是质量值。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量 ...
FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式
1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事项： fastq文件必须是解压格式 ...
fastq-dump 报错 解决方案
命令行： ~/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2/bin/fastq-dump --split-spot --gzip xxxx.sra 报错信息: fastq-dump.2.3.2 err: name not found while ...
二代测序的fastq文件格式介绍
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
fasta与fastq格式文件解读
1、FASTA文件的格式 在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元，各行记录信息如下： 第一 ...