原文:Amber学习第五天:模拟含有非标准残基的溶剂化蛋白

前面所及的都是标准的残基,所以我们不用为非标准的残基创建的单元和提供我们自己的参数。这章我们将介绍一种方法对于非标准的残基。以含有铜离子的质体蓝素蛋白为例。需要作的是: 铜离子由四个氨基酸帮定His , Cys , His 和 Met 。我们将修饰这些氨基酸并提供新键类型的参数 应该保留晶体本身的水分子。但是痒的位子应该被指定所以用Xleap来增加丢失的质子。所以在运行模拟前要进行最小化这些位置。 ...

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