查看下是不是git是不是1.7.1版本。
git --version
使用 yum -y update 更新一下。
再使用git clone 虽然还是会提示这个报错，但是可以克隆了。亲测有效。
git版本是1.7.1 linux版本是Linux version 2.6.32-504.el6.x86_64 centos
git clone 某个链接时候报错Initialized empty Git repository in 不能克隆
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