这个问题很容易解决，只要添加一个 .gitattributes
内容如下：
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# Auto detect text files and perform LF normalization
* text=auto
# Custom for Visual Studio
*.cs diff=csharp
*.sln merge=union
*.csproj merge=union
*.vbproj merge=union
*.fsproj merge=union
*.dbproj merge=union
# Standard to msysgit
*.doc diff=astextplain
*.DOC diff=astextplain
*.docx diff=astextplain
*.DOCX diff=astextplain
*.dot diff=astextplain
*.DOT diff=astextplain
*.pdf diff=astextplain
*.PDF diff=astextplain
*.rtf diff=astextplain
*.RTF diff=astextplain
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git 完全支持 docx 文件的差异对比，因为 git 内部也是使用了 zlib，docx 本质上是 zip 文件,比较差异还是很容易的。
http://git-scm.com/book/en/v2/Customizing-Git-Git-Attributes