python学习——把读取fasta文件的代码封装成函数

将读取文件的代码封装成函数，并使其作为模块可在其他程序运行

创建fasta_def.py文件，并输入如下代码：

def read_fasta(input): #用def定义函数read_fasta()，并向函数传递参数用变量input接收
    with open(input,'r') as f: # 打开文件
        fasta = {} # 定义一个空的字典
        for line in f:
            line = line.strip() # 去除末尾换行符
            if line[0] == '>':
                header = line[1:]
            else:
                sequence = line
                fasta[header] = fasta.get(header,'') + sequence
    return fasta 


if __name__ == '__main__': # 函数若是在当前程序运行则执行下面的代码，若是在另外的程序作为模块运行则不执行下面的代码
    fasta_info = read_fasta('genome_test.fa')
    print(fasta_info)

新建一个test.py文件

输入如下代码调用上述模块fasta_def

import fasta_def

fa = fasta_def.read_fasta('genome_test.fa')