第四章 同义与非同义的核苷酸替代


4.0、前言

估计同义突变和非同义替代发生的速率,比估计核苷酸替代数目要复杂的多。估算dS和dN,有很多种方法,归纳为三类:1、进化通经法;2、基于Kimura双参估计法;3、密码子替代模型的最大似然法

4.1、进化通经法

考虑2个DNA序列间每对同源密码子的所有可能进化通经,由此提出一种估算dS和dN的方法。该方法较为复杂,因为每估算一个核苷酸替代都要对该替代发生的可能性进行加权,同时还考虑编码氨基酸的相似性。而Nei,经过计算机模拟认为不需要进行加权就可获得相同的结果。

NJ法:

大样本检测

 


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