这个问题可能是在使用numpy的时候出现了0除以0造成的。比如:
import numpy as np
a = np.array([0,0])
a/0
__main__:1: RuntimeWarning: invalid value encountered in true_divide
这里0/0的报错不具体，有时候不容易发现。
如果是1/0这种，会有更加具体的错误信息。比如：
import numpy as np
a = np.array([1,1])
a/0
__main__:1: RuntimeWarning:divide by zero encountered in true_divide true_divide