感谢原版主的帮助：http://blog.sina.com.cn/s/blog_bff0927b0101elqi.html
解决方法为：
1、选择eclipse菜单栏中的Project -> Properties -> Run/Debug Settings:
2、选择列表中的 "New_Configuration"
3、点击右侧的 Delete
4、点击下方的apply,OK，问题解决
如果上述方法仍然没有解决问题，还有一种可能是是硬件异常，可以尝试重启下开发板或者重新下载下FPGA程序。