linux命令行下使用R语言绘图


 

系统:centos 6.4 64bit

 

环境安装参考:http://hi.baidu.com/solohac/item/4a18e78f1bef9b5825ebd99c

 

在R语言中可以使用png()等函数生成图片,例如: png("aa.png")可以生成图片。

但是如果你是通过shell远程连接到系统上,可能会碰到如下错误:

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> png( "aa.png" )
错误于.External2(C_X11, paste( "png::" , filename, sep = "" ), g$width,  :
   无法打开PNG设备
此外: 警告信息:
In png( "aa.png" ) : 无法打开链结到X11显示 ''

 

分析:

 

打开R控制台,输入capabilities(),可以看到:

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> capabilities()
     jpeg      png     tiff    tcltk      X11     aqua http/ftp  sockets
    FALSE    FALSE    FALSE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE     TRUE
   libxml     fifo   cledit    iconv      NLS  profmem    cairo
     TRUE     TRUE     TRUE     TRUE     TRUE    FALSE    FALSE

可以看到png为false,因为生成图片需要X11,但是shell是没有X11的。

 

怎么解决:

1.在X11模式下执行R语言命令,也就是在linux的桌面。如果你只是在桌面上画画图,那选择这个方式就可以了。

2.不使用X11生成,使用 图形渲染库Cairo。比如我,需要用脚本,根据实时数据生成统计图,那么用这个方式就很方便。

 

 

安装:

 

启动R控制台

R

安装

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install.packages( "Cairo" )

 

会让你选择安装镜像

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--- 在此連線階段时请选用CRAN的鏡子 ---
CRAN mirror
 
  1 : 0 -Cloud                       2 : Argentina (La Plata)      
  3 : Argentina (Mendoza)           4 : Australia (Canberra)      
  5 : Australia (Melbourne)         6 : Austria                   
  7 : Belgium                       8 : Brazil (BA)               
  9 : Brazil (PR)                  10 : Brazil (RJ)               
11 : Brazil (SP 1 )                12 : Brazil (SP 2 )             
13 : Canada (BC)                  14 : Canada (NS)               
15 : Canada (ON)                  16 : Canada (QC 1 )             
17 : Canada (QC 2 )                18 : Chile                     
19 : China (Beijing 1 )            20 : China (Beijing 2
选一个北京的好了: 20

 

安装出错

configure: error: Cannot find cairo.h! Please install cairo (http://www.cairographics.org/) and/or set CAIRO_CFLAGS/LIBS correspondingly.

 

所以我们需要先在系统中安装cairo库

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yum -y install cairo* libxt*
安装完成之后,重新执行:install.packages( "Cairo" )
installing to /usr/local/lib64/R/library/Cairo/libs
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (Cairo)
 
下载的程序包在
‘/tmp/RtmpNlGyf3/downloaded_packages’里
更新 '.Library' 里的HTML程序包列表
Making 'packages.html' ... 做完了。

 

安装成功。

 

加载Cairo后,查看支持:

 

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> library(Cairo)
> Cairo.capabilities()
    png   jpeg   tiff    pdf    svg     ps    x11    win raster
   TRUE  FALSE  FALSE   TRUE   TRUE   TRUE   TRUE  FALSE   TRUE
说明已经支持用cairo生成图片了。
例如可以使用如下命令生成PNG:
CairoPNG(file= "out.png" ,width= 800 ,height= 480 )

 

附上一个测试小程序,主要为了说明用法:

#vim test.r

 

library(Cairo)

CairoPNG(file="out.png",width=800,height=480)

plot(5,4)

 

保存后执行:

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[root@localhost ~]# Rscript test.r
 
R version 3.1 . 0 ( 2014 - 04 - 10 ) -- "Spring Dance"
Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu ( 64 -bit)
> library(Cairo)
> CairoPNG(file= "out.png" ,width= 800 ,height= 480 )
> plot( 5 , 4 )
>

 

 

在当前目录下可以看到生成了图片

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[root@localhost ~]# ll
总用量 84
-rw-r--r--. 1 root root  6832 5 月  13 10 : 33 out.png
-rw-r--r--. 1 root root    71 5 月  13 10 : 32 test.r

 


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