注：2013年6月6日，我对该博文进行了修改，增加了源代码以及更直观详细的讲解。如果需要代码，可以到文章最后给出的链接进行下载。
最近在用weka做一个数据挖掘相关的项目，不得不说，weka还是一个不错的开放源代码库，提供了很多最常用的分类和聚类算法。
在我的项目中要用到一个聚类算法，Affinity Propagation（AP），由多伦多大学的Brendan J. Frey发表于2007年。相比其他的聚类算法，AP算法的聚类结果更加准确。
在AP的官方网站公布了AP算法的动态链接库，我的目标就是实现在Java工程中调用这个动态链接库。
在网上查了资料，发现，如果仅仅是想调用Windows的Native API还是比较省事的，这里我主要针对第三方dll的调用。
下面进入正题。
这里主要用的方法是JNI。在网上查资料时看到很多人说用JNI非常的复杂，不仅要看很多的文档，而且要非常熟悉C/C++编程。恐怕有很多人在看到诸如此类的评论时已经决定绕道用其他方法了。但是，假如你要实现的功能并不复杂（简单的参数传递，获取返回值等等），我还是支持使用这个方法的。
Java Native Interface，简称JNI，是Java平台的一部分，可用于让Java和其他语言编写的代码进行交互。下面是从网上摘取的JNI工作示意图。
图1 JNI的工作模式
下面就举具体的例子说明一下使用步骤：
先说明一下我们要达到的目的：
假设我们现在有一个第三方dll叫做ThirdPartyDll.dll，我们想调用其中的realfunction方法，该方法的接口在ThirdParty.h中给出，如下：
1 // The ThirdPartyDll.dll contains the following function. 2 // Name: 3 // realfunction 4 // Function: 5 // Turn a double type array to an int type array. 6 // Parameters: 7 // nDoubleArray: a double type array needed to cutoff. 8 // nSize: the size of nDoubleArray. 9 // nPrint: print the original array if nPrint == true. 10 // Return Value: 11 // This function will allocate a new int type array inside for storing the result. 12 // So, DO NOT forget to release the space after using the result! 13 // (Of course, we'd better not to design a function like this when coding:)) 14 // ---------------------------------------------------------------------------------- 15 16 int* realfunction(double* nDoubleArray, unsigned int nSize, bool nPrint);
我们现在要尝试根据这个dll和这个函数接口，在java程序中通过一个中介dll调用该函数。
1） 编写一个类，声明native方法
1 public class CallThirdParty { 2 3 public native int[] CallThirdPartyDll(double[] arg_DoubleArray, 4 int arg_SizeofArray, 5 boolean arg_print); 6 static 7 { 8 System.loadLibrary("MediumDll"); 9 } 10 }
上面是CallThirdParty.java文件，定义了一个CallThirdParty类，其中有一个方法CallThirdPartyDll()，需要传递三种不同类型的参数，并且返回一个整型数组。
注意，这里只需要声明这个方法，并不需要实现，具体实现就在MediumDll中。
MediumDll就像中介一样，Java通过调用这个中介Dll中的CallThirdPartyDll方法，间接调用真正的第三方Dll。
2）编译生成.h文件
cmd到CallThirdParty.java目录下，执行以下几个命令，生成.h文件。（需要设定java环境变量）
第一步：
javac CallThirdParty.java 生成CallThirdParty.class
第二步：
javah CallThirdParty 生成CallThirdParty.h头文件，内容如下：
1 /* DO NOT EDIT THIS FILE - it is machine generated */ 2 #include <jni.h> 3 /* Header for class CallThirdParty */ 4 5 #ifndef _Included_CallThirdParty 6 #define _Included_CallThirdParty 7 #ifdef __cplusplus 8 extern "C" { 9 #endif 10 /* 11 * Class: CallThirdParty 12 * Method: CallThirdPartyDll 13 * Signature: ([DIZ)[I 14 */ 15 JNIEXPORT jintArray JNICALL Java_CallThirdParty_CallThirdPartyDll 16 (JNIEnv *, jobject, jdoubleArray, jint, jboolean); 17 18 #ifdef __cplusplus 19 } 20 #endif 21 #endif
注意，CallThirdParty.h这个头文件的内容是不能修改的，否则JNI会找不到相对应的CallThirdPartyDll()的实现。
3）创建C/C++工程，实现CallThirdPartyDll()方法。
创建一个C/C++工程，工程名为MediumDll（其实，生成的dll名为MediumDll即可），导入上一步生成的CallThirdParty.h这个头文件以及官方给出的接口文件ThirdParty.h，并创建一个CPP文件，实现CallThirdParty.h文件中的方法。
图2 新建工程结构
由于我默认创建的工程是win32控制台程序并且最后生成的是.exe文件，所以还要做一步工程属性修改，让它生成.dll后缀文件。
打开Project Property ->General，做以下修改：
图3 修改工程属性
下面就是实现 JNIEXPORT jintArray JNICALL Java_CallThirdParty_CallThirdPartyDll (JNIEnv *, jobject, jdoubleArray, jint, jboolean); 这个方法了。先贴代码再慢慢解释吧。
1 #include "CallThirdParty.h" 2 #include "ThirdParty.h" 3 #include <iostream> 4 #include <Windows.h> 5 using namespace std; 6 7 #ifdef __cplusplus 8 extern "C" { 9 #endif 10 11 typedef int* (*ThirdPartyFunc)(double*, unsigned int, bool); 12 13 JNIEXPORT jintArray JNICALL Java_CallThirdParty_CallThirdPartyDll (JNIEnv *env, jobject _obj, jdoubleArray _arg_doublearray, jint _arg_int, jboolean _arg_boolean) 14 { 15 HMODULE dlh = NULL; 16 ThirdPartyFunc thirdPartyFunc; 17 18 if (!(dlh=LoadLibrary("ThirdPartyDll.dll"))) 19 { 20 printf("LoadLibrary() failed: %d\n", GetLastError()); 21 } 22 if (!(thirdPartyFunc = (ThirdPartyFunc)GetProcAddress(dlh, "realfunction"))) 23 { 24 printf("GetProcAddress() failed: %d\n", GetLastError()); 25 } 26 27 int m_int = _arg_int; 28 double* m_doublearray = env->GetDoubleArrayElements(_arg_doublearray, NULL); 29 bool m_boolean = _arg_boolean; 30 31 int* ret = (*thirdPartyFunc)(m_doublearray, m_int, m_boolean); /* actual function call */ 32 33 jintArray result = NULL; 34 if (ret) 35 { 36 result = env->NewIntArray(_arg_int); 37 env->SetIntArrayRegion(result, 0, _arg_int, (const jint*)ret); 38 } 39 40 FreeLibrary(dlh); /* unload DLL and free memory */ 41 if(ret) 42 { 43 free(ret); 44 } 45 46 return result; 47 } 48 49 #ifdef __cplusplus 50 } 51 #endif
a）首先为了#include <jni.h>，必须添加JNI所在的目录。
打开Project Property -> C/C++ -> General -> Additional Include Directories添加相应目录：
图4 添加JNI目录
b）在CallThirdParty.h文件中自动生成的函数，只标识了函数参数类型，为了引用这些参数，自己起一个相应的名字：
JNIEXPORT jintArray JNICALL Java_CallThirdParty_CallThirdPartyDll
(JNIEnv *env, jobject _obj, jint _arg_int, jdoubleArray _arg_doublearray, jboolean _arg_boolean) ......
c）声明函数指针，就是你要调用的第三方dll中函数的类型。
d）LoadLibrary，导入真正的第三方Dll，并找到要调用的方法的函数地址。
把这个函数地址赋值给函数指针，接下来就可以通过这个函数指针调用真正的realfunction函数了！
e）类型转换：
读读jni.h文件就知道jdouble和double其实是一个东西，jboolean就是unsigned char类型，jni.h中是这么声明的：
1 typedef unsigned char jboolean; 2 typedef unsigned short jchar; 3 typedef short jshort; 4 typedef float jfloat; 5 typedef double jdouble;
但是数组类型就没有这么简单，获取数组要使用类型相对应的env->GetTypeArrayElement(jTypeArray...)。
最后，要返回一个jint类型的数组，就要新创建一个此类型的数组，再为其赋值：
1 jintArray result = env->NewIntArray(_arg_int); 2 env->SetIntArrayRegion(result, 0, _arg_int, (const jint*)ret);
其中，_arg_int代表的是创建数组的长度。
最后return result。
4）Build这个工程。
Build，生成相应的MediumDll.dll文件，并将其与真正要调用的第三方动态链接库ThirdPartyDll.dll放到java工程目录下。
图5 将生成的dll放到java工程下
5）编写测试java程序，调用dll库。
以下为测试程序，Test.java：
1 public class Test { 2 public static void main(String[] args) { 3 4 double doubleArray[] = {1.1, 2.5, 5,2}; 5 6 CallThirdParty callThirdParty = new CallThirdParty(); 7 int cutOffArray[] = callThirdParty.CallThirdPartyDll(doubleArray, 3, true); 8 9 for (int i = 0; i < cutOffArray.length; ++i) 10 System.out.println(cutOffArray[i]); 11 } 12 }
运行，控制台输出结果：
Value of 0: 1.1
Value of 1: 2.5
Value of 2: 5
1
2
5
到此，java调用第三方dll就基本完成了。
本文也主要是介绍大概的操作流程，至于具体应该使用哪些API就只有去研究官方文档了。
另外还有一些需要注意的问题，比如64位的程序去调用32位的dll会报错啊等等...这些都是细节问题了。
最后，个人认为，自己动手实践还是很重要，网上都说这个复杂那个难，但是至于难还是不难，还是要实践了才知道...不能不去尝试...
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最后的最后，附上相关代码的链接：https://github.com/AnnieKim/ForMyBlog/tree/master/20120101
其中，projects文件夹下是工程文件，在eclipse和vs2008下进行，如果可以直接运行那就最好了。
另外，source文件夹下是所有的相关代码，包括第三方dll和生成的Mediumdll。
如果遇到什么问题，欢迎讨论。
（完）