原文:VMD可視化hdf5格式的分子坐標文件

技術背景 VMD是分子動力學模擬領域常用的一款可視化軟件,可以非常直觀方便的展示分子的運動過程。而VMD本身對展現的格式有一定的要求,如果不是常見的rst等類型的坐標文件的話,就需要自己手動去實現一個可視化的插件。這里我們介紹的是通過VMD來可視化hdf 格式的坐標文件 hdf 是量子化學領域非常常用的一個數據格式,對於規模較大的數據集有很好的性能支持。 安裝hdf 插件 這里本地使用的是Ubun ...

2021-10-26 17:40 0 280 推薦指數:

查看詳情

用python讀寫HDF5格式文件

用python讀寫HDF5格式文件 用python讀寫HDF5格式文件 HDF5介紹 創建HDF5文件 讀取HDF5文件 HDF5的group用python讀寫HDF5格式文件HDF5介紹 HDF(Hierarchical ...

Fri Dec 03 02:52:00 CST 2021 0 1038
如何手動解析Keras等框架保存的HDF5格式的權重文件

問題 在使用Keras保存為h5或者hdf5格式的模型權重文件后,一般采用keras.models.load_model()恢復模型結構和權重,或者采用model.load_weights()導入權重。 但是,在進行遷移學習或者模型輸出nan或inf時,需要手動導入部分權重進行查看或者修改 ...

Fri Nov 06 00:39:00 CST 2020 0 376
當你的數據集是hdf5格式文件時,腫么辦?

最近,自己構建了一個卷積神經網絡,從網上下載到的數據集是hdf5格式的,希望用這個數據集來訓練一下自己構建的這個神經網絡。 1. 什么是hdf5HDF5是二進制數據格式,用於在磁盤上存儲巨大的數值數據集(數據太大無法存儲在內存中),同時便於對數據集的行進行遍歷和計算。HDF5中 ...

Wed May 27 00:24:00 CST 2020 0 1197
HDF5 文件格式簡介

三代測序下機的原始數據不再是fastq格式了,而是換成了hdf5 格式,在做三代數據的分析之前,有必要先搞清楚hdf5 這種文件格式; 官網的鏈接如下:https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一種靈活的文件儲存格式,它相對其他的文件格式,肯定是 ...

Fri May 26 19:38:00 CST 2017 0 3650
分子指紋相似度的可視化

rdkit有一個很炫酷的功能,那就是能可視化顯示兩個分子的相似性。 以下面兩個分子為例: 計算相似度 將相似度映射到分子圖像 結果如下: ...

Wed Jan 20 22:32:00 CST 2021 1 346
python讀寫hdf5及cdf格式文件

Python write and read hdf5 file http://stackoverflow.com/questions/20928136/input-and-output-numpy-arrays-to-h5py http://docs.h5py.org/en/latest ...

Tue Mar 07 04:19:00 CST 2017 0 3185
pandas HDF5與EXCEL文件

一、HDF5 HDF5是一個備受好評的文件格式,廣泛用於存儲大量的科學計算數組。很多數據分析的實際工作中困難都在於I/O密集,而不是CPU密集,使用HDF5這樣的工具可以大大加速你的應用。它以C庫的形式提供,並且具有許多其它語言的接口,包括Java、MATLAB和Python。HDF5中的HDF ...

Thu Apr 16 17:21:00 CST 2020 0 579
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM