上一個單細胞課題做了一些關於CAF的工作,當時就參考了這一篇綜述。細胞亞群的解讀算是單細胞課題中耗時耗力的內容,非免疫細胞更是如此,因為非免疫細胞的文獻比免疫細胞少多了。這一篇綜述系統總結了2020年之前單細胞領域CAF的一些工作,值得仔細讀讀。我個人覺得CAF是TME里面比較有趣的一塊內容 ...
一句話評價:小樣本量單細胞轉錄組在冷門疾病領域應用前景尚可,常規套路也能發NC . Title 標題可以看出本研究的主要內容: 構建成纖維細胞的圖譜 揭示成纖維細胞的異質性 找到一群 相對於正常樣本 在纖維化皮膚病中含量升高的間充質成纖維細胞 . Background 纖維化的特點是成纖維細胞增殖 遷移 侵襲能力增加以及胞外基質 ECM 的過度積累,在全球范圍內都有較高的發病率和死亡率。 纖維化 ...
2021-10-23 01:24 0 215 推薦指數:
上一個單細胞課題做了一些關於CAF的工作,當時就參考了這一篇綜述。細胞亞群的解讀算是單細胞課題中耗時耗力的內容,非免疫細胞更是如此,因為非免疫細胞的文獻比免疫細胞少多了。這一篇綜述系統總結了2020年之前單細胞領域CAF的一些工作,值得仔細讀讀。我個人覺得CAF是TME里面比較有趣的一塊內容 ...
相信做過腫瘤單細胞的小伙伴對這個分析並不陌生,如果多讀幾篇文獻,就能在CNS以及大子刊上面看到這個分析。 非負矩陣分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)是在矩陣中所有元素均為非負數約束條件之下的矩陣分解方法。 基本思想:給定一個非負矩陣V, NMF ...
From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 單細胞測序主要涉及單細胞基因組測序和轉錄組測序兩個方面,分別針對單細胞DNA及RNA進行序列分析和比較。單細胞測序一直是科學家關注的一個熱點。單細胞基因組測序目前主要有兩種擴增 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...
摘要 單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seq, scRNA-seq)強調了細胞間 ...
實驗室馬上要開始做heart的單細胞空間轉錄組,需要提前了解一下基本的data。 廢話不多說,先把示例數據和教程跑一遍,找找感覺。 參考:Seurat4.0系列教程22:空間轉錄組的分析、可視化與整合 樣本制備 - 獲取高質量數據的前提 參考 ...
單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...
本次分享一篇今年2月才發表於Nature Methods的基於單細胞轉錄組數據推斷基因調控網絡的方法比較的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...