post-GWAS：使用coloc進行共定位分析(Colocalization)
GWAS找到顯著信號位點后，需要解釋顯著信號位點如何影響表型。 常見的一個解釋方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括： 1）GWAS和eQTL共定位； 2）GWAS和sQTL共定位； 3）GWAS和meQTL共定位； 4）GWAS和pQTL共定位； 其中，GWAS ...
原文：使用coloc進行QTL數據的共定位分析
共定位分析是一種用貝葉斯檢驗來分析兩種可能相關的表型是否在給定區域內共享共同的遺傳因果變異的方法，本文中，我們使用 coloc 包來進行共定位分析。 數據的准備 MAF的計算 我們的共定位的目的是為了找出caQTL eQTL與meQTL的共定位，主角是我們的caQTL數據。coloc需要SNP的次等位基因頻率 MAF 以及樣本量信息，這兩部分信息需要從基因型文件中提取，因此，我們的第一步就是從基因 ...
2021-07-07 16:02 1 395 推薦指數：
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