原文:SimpleITK處理醫學圖像

做醫學圖像時,SimpleITK是一個很常用的庫。實際上大家往往喜歡把不同類型的數據割裂開,nrrd用pynrrd處理,dicom用dicom處理,nii用nibabel處理 實際上根本沒必要,SimpleITK完全可以統一處理,各種類型的讀取和保存一步搞定。 . 讀取 首先是最常見的DICOM。這個文件格式是CT機器直接輸出的結果,每個病人會是一個文件夾,里面有若干個DICOM文件,每個DICO ...

2020-11-23 20:05 0 540 推薦指數:

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SimpleITK 和 Nibabel 讀取醫學圖像 nii 數據(2D顯示)

SimpleITK 和 Nibabel 區別在於:(nii圖像可以看成2維,也可以看成三維) SimpleITK讀取數據是(X,Y,Z)顯示,Nibabel讀取圖像是(Z,Y,X)顯示,也就是Nibabel加載的圖像會旋轉90°,其中X表示通道數,即切片層數。詳情 ...

Sat Mar 21 22:54:00 CST 2020 0 3259
醫學圖像處理流程

Tips: 最近在做醫學圖像處理(CT/PET),涉及到了一些盲點和知識點,在這做一些總結。 一、數據格式 DICOM DICOM是醫學圖像中的標准文件,包含了許多元數據信息,這些信息具體可以分為以下四類: Patient Study ...

Fri Feb 12 03:02:00 CST 2021 0 337
醫學圖像處理(一):醫學圖像格式(nii和dicom)

醫療圖像是對解剖區域的內部結構和功能的一種表征。它以二維像素或者三維體素的形式呈現出來。映射到空間位置的數值是對采樣過程和重建過程的離散表征。用來描述一個確定采樣模態視野的像素數量是對解剖結構和功能的細節的表達。像素表達的數值取決於成像模式、采樣協議、重建以及后續處理過程。 醫療數據的組成 ...

Fri Dec 31 20:37:00 CST 2021 5 9555
SimpleITK學習(二)圖像讀取

通常我會用simpleitk來讀取dicom文件,主要是為了將dicom文件轉換為numpy矩陣,便於輸入神經網絡,讀取dicom文件可分為兩種情況,一.單獨的dicom文件 二.一系列dicom文件,前者只是一張切片,通常是X光片,后者是很多張切片,合在一起通常代表CT圖像。 一. 讀取 ...

Fri Mar 08 23:31:00 CST 2019 0 3686
醫學圖像處理】提取勾畫

dicom文件處理 提取ct文件 / mr文件 / dose文件 / rt structure 文件 提取指定ROI勾畫和對應的CT或MR圖像,重采樣到指定大小,存為.nii文件 code on github ...

Sat Jan 16 01:30:00 CST 2021 5 239
Python+OpenCV實現圖像醫學處理

在Jupyter Notebook上使用Python+opencv實現如下圖像醫學處理。關於opencv庫的安裝可以參考:Python下opencv庫的安裝過程與一些問題匯總。 1.實現代碼 2.運行結果 ...

Tue May 26 01:43:00 CST 2020 0 1599
醫學圖像處理最全綜述

本文作者 張偉,公眾號:計算機視覺life,編輯成員 0、引言 醫學圖像處理的對象是各種不同成像機理的醫學影像,臨床廣泛使用的醫學成像種類主要有X-射線成像 (X-CT)、核磁共振成像(MRI)、核醫學成像(NMI)和超聲波成像(UI)四類。在目前的影像醫療診斷中,主要是通過觀察一組二維切片圖 ...

Wed Jul 10 19:40:00 CST 2019 1 9368
DICOM醫學圖像處理:WEB PACS初談二,圖像的傳輸

背景: 如前一篇專欄博文所述,借助於CGI或FastCGI技術轉發瀏覽器發送過來的用戶請求,啟動本地的DCMTK和CxImage庫響應。然后將處理結果轉換成常規圖像返回到瀏覽器來實現Web PACS。本博文通過實際的代碼測試來驗證這一模式的可行性,同一時候對C語言編寫 ...

Sun Jul 30 05:45:00 CST 2017 0 1580
 
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